環境科學與工程系是依託澳門環境研究院而成立的，是創新工程學院的四個院系之一。環境科學與工程系是致力於環境專業人才培養以及環境污染控制技術研發的重要教學和科研機構。
面向“2030碳達峰2060碳中和”雙碳目標和國家生態文明建設的需求，環境科學與工程系正在建設從本科教學到博士研究生培養的全方位人才培養體系。“環境科學與管理碩士學位課程”，自2017年9月已經開始招生，計劃開設“環境科學與工程”學士學位課程及博士學位課程。
環境科學與工程系依託澳門海岸帶生態環境國家野外科學觀測研究站（澳門野外站），兩個粵港澳大灣區聯合實驗室包括粵港澳環境質量協同創新聯合實驗室和粵港澳污染物暴露與健康聯合實驗室，配備有用於環境分析的精密儀器設備如氣象色譜高解析度質譜儀精密電子天平離子色譜儀，原子吸收光譜儀、icp-oes、icp-ms、hplc等大型化學分析儀器，可滿足教學和研究需求。
依託大學及相關研究平臺，環境科學與工程系已經組建了一支由李行偉校長領銜的近20人具多學科背景和能力的國際化高水平團隊，研究方向集中於環境水力學和近海水質模擬技術、澳門生態環境天空地海一體化智能監測技術、海岸帶生態環境風險評價與預報預警技術、環境質量演化過程和調控機制、典型污染物的生態環境效應及控制技術、城市固體廢物循環和管理等方面。
環境科學與工程系課程設置和人才培養兼顧紮實的基礎理論知識和科學實踐，定位於培養具有多學科交叉背景和國際視野，能夠獨立開展科學研究、工程技術方案設計，服務國家社會發展的國際化高質量科學研究、管理和工程技術人才，努力將學生培養成為未來產業界、科技界以及政府管理層所倚重的綜合性環境科學與工程專業人才。
環境科學與工程系熱切希望，青年學子在這裡不僅能夠獲取知識，增長智慧，更能夠創造知識，領會到終身學習的原則及重要性。